Los fondos documentales tienen su origen en la labor documental que lleva a cabo el Museo. Está formado por los documentos emitidos por el Museo desde su creación en el año 1792 hasta la actualidad. Con ellos se puede investigar y conocer la Historia de la Institución: desde la formación de colecciones, las diferentes sedes por las que pasó el Museo, las donaciones que enriquecieron las colecciones, las exposiciones realizadas a lo largo de su historia, la documentación relativa a los depósitos, los informes de restauraciones, etc.