La Comandancia Naval de San Sebastián está ubicada en la Calle de Marí nº 7 de esta bella ciudad, en el barrio conocido popularmente como "Parte Vieja" y frente a su puerto.
Con anterioridad y bajo la denominación de Comandancia Militar de Marina, estaba situada en un edificio situado en la Plaza de Lasala, edificio que compartía con otros estamentos de la Administración del Estado, como la Delegación de Hacienda de Guipúzcoa.
Además de las oficinas situadas en este edificio, la antigua Comandancia Militar de Marina de San Sebastián, disponía de otras dependencias como el antiguo Juzgado de Marina, situado en la calle Miracruz nº10, la Ayudantía Militar de Marina de Pasajes, situada en su recinto portuario, la Ayudantía Militar de Marina de Zumaya, situada en esta localidad y la Comandancia Naval del Bidasoa situada en Fuenterrabía (Hondarribia).
Con la adquisición del antiguo edificio de aduanas de esta capital, el día 2 de Agosto de 1968, una vez finalizadas las obras de rehabilitación correspondientes, se procede a su traslado a la actual ubicación de la calle de Marí. Posteriormente en el año 1993 y a tenor de lo establecido por la Ley 27/1992, de 24 de Noviembre, de Puertos del Estado y de la Marina Mercante, fue dispuesta la desafectación de las Ayudantías Militares de Marina de Pasajes y Zumaya, pasando el edificio de la antigua Ayudantía Militar de Marina de Pasajes a ser propiedad de Marina Mercante y sede de su Capitanía Marítima. En la actualidad este edificio alberga a la Unidad de la Guardia Civil sita en dicho puerto.
A partir de la entrada en vigor de la Ley 27/1992 de 24 de Noviembre, pasa a denominarse de manera provisional como Comandancia Naval de San Sebastián, denominación actual ratificada con la entrada en vigor de la instrucción 81/2004, de 12 de Abril, consecuencia del Real Decreto 912/2002, de 8 de Septiembre y la Orden DEF/3537/2003, de 10 de Diciembre, continuando con esta denominación bajo dependencia del Almirante Jefe de la Zona marítima del Cantábrico.
En fecha 30 de Junio de 2004, con la desaparición de la Zona Marítima del Cantábrico y conforme a lo dispuesto en Instrucción núm 81/2004, de 12 de Abril, del Almirante Jefe del Estado Mayor de la Armada, por la que se establece la organización de la Fuerza de Acción Marítima de la Armada, queda integrada en el Mando de Acción Marítima de Ferrol.