La Comandancia Naval de Huelva se encuentra en su actual ubicación desde el 09 de marzo de 1963, siendo su primer Comandante el Capitán de Navío D. Santiago Noval, que era Comandante Militar de Marina de la provincia de Huelva desde el 21 de mayo de 1955. Con anterioridad a esta fecha ocupaba un piso en la Avenida de Italia de la capital onubense, y fue el 16 de noviembre de 1950 cuando el Ministerio de Obras Públicas cede al Ministerio de Marina una parcela de 2.043 metros cuadrados en la zona de servicio del Puerto de Huelva con ''destino a la instalación de la Comandancia Militar de Marina, vivienda y cuartel''. Posteriormente una Orden Ministerial de Obras Públicas de 05 de enero de 1962 se cede una parcela de 983 metros cuadrados colindante con la Comandancia, con destino a un campo de instrucción para la marinería.
En febrero de 2001, la planta baja del edificio se convierte en la actual Subdelegación de Defensa.
La primera noticia escrita que consta en el archivo de la Comandancia data del Diario de Huelva Información del 20 de septiembre de 1915 en el que da noticia de la bienvenida dada por el Gobernador Civil de la provincia, por el Comandante Casar que era el Comandante Militar de Marina.
En la zona tiene su base un patrullero:
La Comandancia se encuentra enmarcada en la estructura del Almirante de Acción Marítima (ALMART), , y ejerce funciones operativas relativa al empleo de la unidad basada en Ayamonte por delegación.
Como Autoridad de la Armada, se relaciona y colabora con las autoridades locales civiles y militares, medios de comunicación y entidades públicas y privadas. Además, facilitan asistencia a los buques de guerra nacionales y extranjeros que efectúen escala en Huelva o puertos de la provincia, directamente o a través de la Ayudantía Naval de Ayamonte.
Existe un Punto de Información Naval (PIN) cuya misión principal es la divulgación de la Armada, así como el reclutamiento en la provincia de Huelva. Relacionándose y colaborando para ello con el Área de Reclutamiento de la Subdelegación de Defensa y otros estamentos civiles relacionados con jóvenes, tales como, Institutos y Delegaciones de Juventud.
MISIONES Y COMETIDOS - COMANDANCIA NAVAL HUELVA.COMANDANCIA NAVAL DE HUELVAEl Comandante Naval tiene como misión prioritaria la interactuación con el resto de actores de la comunidad marítima ubicados a lo largo de toda la provincia de Huelva, donde se interesa por todos los asuntos relacionados con el entorno marítimo, defendiendo los intereses de la Armada.
De igual forma, mantiene comunicación directa, frecuente y fluida con todos los organismos e instituciones de las administraciones públicas con competencias en el ámbito marítimo, así como con aquellas organizaciones no gubernamentales, empresas privadas y personas que en su quehacer diario tienen relación con la mar.
Además, ejerce las funciones del Sistema Naval de Cooperación y Orientación al Tráfico Marítimo (“Naval Cooperation and Guidance for Shipping” (NCAGS) que se le encomienden.
Ejerce el mando orgánico de la Ayudantia Naval de Ayamonte y el mando operativo por delegación del patrullero “P-114”.
Efectua tareas generales de apoyo al reclutamiento, a través del Punto de Información Naval (PIN).
Por último, presta asistencia y coordinarán los apoyos a los buques de la Armada y buques de estado extranjeros que efectúen escala en Huelva así como a otras unidades de las Fuerzas Armadas (FAS) y Fuerzas y Cuerpos de Seguridad del Estado (FCSE) cuando así se determine.