La actual Escuela de Estudios Superiores en Ciencias Físico-Matemáticas de la Armada se identifica en sus orígenes, por un lado con la propia Enseñanza Naval Militar (Compañía de Guardias Marinas), y por otro con las primeras prácticas de la Astronomía Náutica en España (Observatorios Astronómicos), lazo que estará llamado a perpetuarse.
Su actual denominación data de 1970, fecha en la que, manteniendo su rango de Centro de Enseñanza Superior, se reorganiza para cumplir las misiones fundamentales de:
- Formar el núcleo de un profesorado cualificado para las Escuelas Superiores de la Armada.
- Dar una preparación Físico-Matemática Superior a aquellos Jefes y Oficiales que lo precisen como parte de su formación.
- Formar y especializar al personal científico y técnico del Observatorio.
- Asesorar al Estado Mayor de la Armada en el campo de las Ciencias Físico-Matemáticas.
Para el cumplimiento de sus misiones de enseñanza en la Escuela se imparten los siguientes cursos:
- Curso de Estudios Superiores en Ciencias Físico-Matemáticas.
Con una duración de dos años se planifica de modo que, cursando en su totalidad o en parte, eleve el nivel de preparación científica de grupos de Jefes y Oficiales seleccionados.
- Curso Master en Astronomía, Geodesia y Geofísica.
Con una duración de dos años tiene por finalidad la especialización de Jefes y Oficiales, Titulados en Estudios Superiores en Ciencias Físico-Matemáticas de la Armada, para desempeñar cargos científicos en el Observatorio.
- Cursos de Doctorado.
Dentro del convenio establecido con la Universidad de Cádiz, se realizan cursos de Doctorado dirigidos por personal del Observatorio.
- Colaboración con la Escuela de Geodesia y Topografía del Ejército de Tierra.
Con carácter bienal, se imparten seminarios sobre astronomía, geofísica y metrología del tiempo a los alumnos del Curso de Geodesia del Ejército de Tierra.