El Museo Naval de Madrid es una entidad de titularidad estatal, con categoría nacional, adscrito al Ministerio de Defensa. El museo tiene dependencia orgánica del Almirante Jefe del Estado Mayor de la Armada, a través del Director del Instituto de Historia y Cultura Naval, y dependencia funcional de la Secretaría General Técnica del Ministerio de Defensa, a través de la Subdirección General de Publicaciones y Patrimonio Cultural.

El Real Decreto 596/2014, de 11 de julio, regula el funcionamiento y la estructura básica del Museo Naval, ubicado en Madrid, su Real Patronato y sus seis Museos Filiales: el Museo Marítimo de la Torre del Oro (Sevilla), el Archivo Museo Don Álvaro de Bazán de Viso del Marqués (Ciudad Real), el Museo Naval de Cartagena (Murcia), el Museo Naval de Ferrol (A Coruña), el Museo Naval de Las Palmas (Gran Canaria) y el Museo Naval de San Fernando (Cádiz).

El Museo Naval y sus museos filiales trabajan juntos en la investigación, conservación y difusión del patrimonio material e inmaterial de la Armada, con el objetivo último de mostrar al público la historia de la Armada Española y su contribución al progreso institucional, social, cultural, económico y científico de España.