Durante la década de los años 60 del pasado siglo, la Armada vivió una intensa actividad reorganizadora que transformó casi todas sus estructuras.
En 1963 inició sus trabajos la Comisión de Estudios y Planes, creada para dar solución a la problemática orgánica de la institución. Un año más tarde fue redactado un cuerpo de doctrina, basado en el cual se promulgaron entre 1966 y 1967 los Decretos que determinaban las funciones y estructuras de los órganos de administración de los recursos de Personal, Material y Financiero. Finalmente, en 1970 se publicó la Ley Orgánica de la Armada.
Previamente, en 1968, se había publicado la Orden Ministerial en la que se establecía la Doctrina General sobre Administración Económica en la Armada. Una de sus medidas era la implantación del sistema Plan-Programa-Presupuesto, pionero en toda la Administración General del Estado y que exigía una aproximación diferente a ciertas tareas.
Como resultado de estas reorganizaciones, el Cuerpo de Intendencia asumiría nuevas e importantes funciones, en un momento en el que la aparición de técnicas, herramientas y planteamientos novedosos suponía un gran reto. Conceptos como los de informática, normalización, catalogación y contabilidad analítica, o tareas innovadoras como el aprovisionamiento de las nuevas unidades de procedencia americana, unidos a la escasez de las plantillas, complicaban enormemente la puesta en funcionamiento de las nuevas estructuras.
Esta situación ponía de manifiesto la necesidad de mejorar la cualificación profesional de unos profesionales cuyo número no era posible incrementar. En consecuencia, la Intendencia General propuso la creación de un centro de estudios específico, cuyo cometido sería impartir sistemática y ordenadamente las enseñanzas precisas para completar y mantener actualizados los conocimientos profesionales de los oficiales de Intendencia a lo largo de toda su carrera. En 1970, por Orden Ministerial 585/70 de 17 de agosto, se creaba el Centro de Estudios Superiores de Intendencia de la Armada (CESIA).
El 15 de marzo de 1971 tenía lugar la solemne inauguración del CESIA en su primera ubicación, en la Escuela Técnica Superior de Ingenieros de Armas Navales, sita en la calle Arturo Soria de Madrid. El acto estuvo presidido por el Ministro de Marina, Almirante Baturone Colombo, al que acompañaban, entre otras autoridades, el Intendente General de la Armada, Montoya Pascual, y el primer Director del Centro, Coronel Dapena Carro. El primer curso acogió como alumnos a cinco coroneles y siete tenientes coroneles del Cuerpo de Intendencia.
En 1977 el Centro se trasladó al Cuartel General de la Armada, donde permanecería hasta 1999, año en el que se mueve a su actual emplazamiento, en las Instalaciones de la Armada en Pío XII, en el hasta entonces edificio de aulas de la Escuela de Guerra Naval.
En sus más de cuatro décadas de historia, el CESIA ha venido cumpliendo la misión que le fue encomendada en su creación, impartiendo Especialidades, Aptitudes y Curso Informativos, adaptando su oferta académica y sus contenidos docentes a la evolución experimentada por la normativa, las técnicas y el entorno en el que el Cuerpo de Intendencia de la Armada desarrolla sus cometidos. Clasificada en sus comienzos, de acuerdo con la normativa de la época, como Escuela de Grado Superior, actualmente es un Centro Docente Militar de Perfeccionamiento, y es la única escuela de Intendencia de las fuerzas armadas españolas.
Dentro de la evolución del centro, el año 2011 marca un hito, al ver nacer el que puede considerarse buque insignia de su actual sistema formativo. En virtud de un acuerdo de colaboración entre el CESIA y la Universidad Complutense de Madrid (UCM) se diseñaba y ponía en marcha el Máster Universitario en Logística y Gestión Económica de la Defensa, máster universitario oficial del Espacio Europeo de Educación Superior (EEES), cuya primera edición se desarrolló en el curso 2011-2012. Este Máster se enmarca dentro de la colaboración del Ministerio de Defensa con Universidades y otras instituciones educativas que promueve la Ley de la Carrera Militar. Se imparte en las instalaciones de la UCM (Campus de Somosaguas) y del CESIA, y cuenta con profesorado propio universitario y militar, así como con colaboradores procedentes de la Armada, los ejércitos, el Ministerio de Defensa, otros organismos de la Administración pública y entidades privadas ligadas al sector de la defensa.
Desde el curso 2018-2019, el CESIA ha visto ampliado su alumnado tradicional, al comenzar a impartir la Especialidad de Segundo Tramo (E2T) en Logística para oficiales del Cuerpo General y de Infantería de Marina del Cuerpo de Intendencia. Un curso más tarde se pondrían en marcha las E2T para el Cuerpo de Intendencia, alternando anualmente entre la de Logística, por un lado, y la de Gestión y Administración Económico-financiera, por otro. Estas tres especialidades incluyen en sus respectivos currículos el mencionado Máster Universitario.