La actual Escuela Naval Portuguesa fue creada en el siglo XVIII como Real Academia de Guardiamarinas (Academia Real dos Guardas-Marinhas). En 1782, se creó la Compañía de Guardiamarinas (Companhia dos Guardas-Marinhas) para enmarcar y entrenar a los guardiamarinas (candidatos a oficiales navales) de la Armada portuguesa. La Compañía de Guardiamarinas se instaló en el edificio del Arsenal Naval de Lisboa. Simultáneamente fue creada la Real Academia de Guardiamarinas, como academia naval de nivel universitario. Esta Academia integró como cuerpo estudiantil a la ya existente Compañía de Guardiamarinas.
En 1807, el ejército de Napoleón invadió Portugal. Para no ser capturados por las fuerzas napoleónicas y mantener la independencia del Reino, la Corte Real y el gobierno portugués se trasladan a la colonia portuguesa de Brasil, y continúan gobernando desde allí. La Real Academia de Guardiamarinas y su Compañía de Guardiamarinas también se embarcan en la flota naval que lleva la Real Corte a Brasil y se instalan en Río de Janeiro, en 1808.
En 1823, un año después de la independencia de Brasil, los profesores y alumnos de la Academia de los Guardiamarinas debían elegir entre la nacionalidad brasileña o la portuguesa. Los que optaron por la nacionalidad portuguesa regresaron a Portugal y los demás se quedaron en Brasil. Luego, surgen dos academias: la Academia Imperial de Guardiamarinas (Academia Imperial dos Guardas-Marinhas) en el Imperio de Brasil (que se convertiría en la actual Escuela Naval Brasileña) y la Real Academia de Guardiamarinas en el Reino de Portugal.
La Real Academia Portuguesa de Guardiamarinas se reorganizó en 1845, convirtiéndose en la Escuela Naval (Escola Naval).