A origem da Escuela Naval Militar de Marín remonta a 1717, quando o rei Felipe V encarregou Don José Patiño da criação da Real Compañía de Guardiamarinas para ministrar aos futuros oficiais da marinha uma formação mista científica e prática.
Teve a sua primeira localização em Cádis, no castelo da vila, por ser o principal porto de escala das frotas das Índias.
Ao longo destes mais de trezentos anos, a localização desta Real Compañía de Guardiamarinas passou por diversos locais. Cidades como Ferrol, Cartagena e San Fernando tiveram a honra de sediar o treino dos Oficiais do que hoje conhecemos como Armada Espanhola.
Como curiosidade, em 1871 tornou-se Escuela Naval Flotante, a bordo da Fragata Astúrias com base em Ferrol, motivada pelo interesse de dar maior importância à adaptação dos alunos ao meio ambiente, habituando-os à dureza intrínseca de permanecer a bordo durante um longo período de tempo longo período de tempo e num ambiente hostil devido às suas condições meteorológicas.
Finalmente, em 1943, foi estabelecida a Escuela Naval Militar na vila de Marín, na ria de Pontevedra, data em que foi transferida da sua sede anterior na Vila Naval de San Carlos, San Fernando, Cádis. Tanto o Rei Felipe VI quanto seu pai Juan Carlos I realizaram parte do seu treino militar nesta Escola.