A atual Escola Naval de Portugal foi criada no século XVIII como Academia Real dos Guardas-Marinhas. Em 1782 foi criada a Companhia dos Guardas-Marinhas para enquadrar e formar aspirantes a oficiais da marinha portuguesa. A Companhia dos Guardas-Marinhas foi instalada no edifício do Arsenal de Marinha em Lisboa. Simultaneamente foi criada a Academia Real dos Guardas-Marinhas, como uma academia naval de nível universitário. Esta academia integrou como corpo discente a já existente Companhia de Guardas-Marinhas.
Em 1807, o exército de Napoleão invadiu Portugal. Para não ser capturada pelas forças napoleónicas e manter a independência do reino, a Corte Real e o governo português mudaram-se para a colónia portuguesa do Brasil, e continuaram a governar a partir daí. A Academia Real dos Guardas-Marinhas e a Companhia dos Guardas-Marinhas também embarcaram na frota que levou a Corte para o Brasil e estabeleceu-se no Rio de Janeiro em 1808.
Em 1823, um ano após a independência do Brasil, os professores e alunos da Academia dos Guardas-Marinhas tiveram que escolher entre a nacionalidade brasileira ou portuguesa. Os que optaram pela nacionalidade portuguesa regressaram a Portugal e os restantes ficaram no Brasil. Mais tarde, surgiram duas academias: a Academia Imperial de Guardas-Marinhas no Império do Brasil (que se tornaria a atual Escola Naval Brasileira) e a Academia Real de Guardas-Marinhas no Reino de Portugal.
A Real Academia Portuguesa de Guardas-Marinhas foi reorganizada em 1845, tornando-se a Escola Naval.