ÓRGANO DE DIRECCIÓN: Órgano auxiliar del mando, bajo la dependencia del Secretario de la Escuela que es un Comandante de Infantería de Marina. Está a las órdenes directas del Comandante Director y apoya a éste. Se compone de:
JEFATURA DE ESTUDIOS: Depende del Jefe de Estudios que es un Teniente Coronel de Infantería de Marina. Está a las órdenes directas del Comandante Director. Tiene como misión fundamental la de la organización de la enseñanza y el control y coordinación de todas las actividades docentes de la Escuela.
AYUDANTÍA MAYOR: Depende del Ayudante Mayor que es un Comandante de Infantería de Marina. Está a las órdenes directas del Comandante Director. Tiene como misión fundamental la de asegurar el funcionamiento de los distintos servicios, la seguridad física y el mantenimiento de las instalaciones de la Escuela.
JEFATURAS DE LOS SERVICIOS: Dependen directamente del Comandante Director. Son los siguientes:
SUBOFICIALÍA MAYOR: El Suboficial Mayor de la Escuela depende directamente del Comandante Director. Desempeña los cometidos reflejados en la O.M. 131/1995 así como aquellos que le encomiende directamente el Director.