Su misión es velar por la seguridad de la navegación en sus aspectos de obtener y difundir información sobre el mar y el litoral y contribuir al progreso de la Ciencia Náutica.
En cumplimiento de esta misión son de su competencia los siguientes cometidos principales:
- Levantamientos Hidrográficos y estudio del relieve submarino en nuestras costas y zonas marítimas, así como en otras zonas que asume, como consecuencia de su compromiso con la Organización Hidrográfica Internacional (OHI), donde representa al Estado Español.
- Observación sistemática y estudio de las mareas y corrientes, de la temperatura y propagación acústica y electromagnética en las aguas, de la meteorología y en general de todos aquellos fenómenos físicos que afectan a la navegación.
- Elaboración de Cartas Náuticas y redacción de libros y documentos de ayuda a la navegación, así como la edición y distribución de los mismos.
- Acopio de datos y noticias sobre alteraciones del medio y de ayudas a la navegación y de los peligros a la misma, que difundirá mediante avisos a los navegantes, para la actualización de cartas náuticas y publicaciones.
- La determinación de las características y especificaciones de los instrumentos náuticos de uso a bordo de los buques de La Armada y la expedición de certificados de garantía y homologación de las agujas.
- Ejecución de todos aquellos trabajos geográficos e hidrográficos de interés para La Armada, así como la de aquellos programas de investigación que le asigne la Dirección de Investigación y Desarrollo de La Armada.
Así mismo le compete la formación de todo el personal hidrógrafo de la Armada, en todas sus categorías.
Complementarios de los anteriores, serán además de su competencia:
- La representación del Estado Español en la Organización Hidrográfica Internacional (OHI), formando en su seno parte de:
- Comisión Hidrográfica del Mediterráneo y Mar Negro (CHMMN).
- Comisión Hidrográfica del Atlántico Oriental (CHATO).
- Comité Hidrográfico, de la OHI, sobre la Antártida (HCA).
- Comité sobre Requerimientos Hidrográficos de los Sistemas de Información (CHRIS).
- Comité para el establecimiento de una base de datos mundial para la Carta Náutica Electrónica (WEND).
- Y actuando como:
- Coordinador de Avisos a los Navegantes en el Mediterráneo y Mar Negro (NAVAREA III).
- Igualmente, la representación del Estado Mayor de la Armada en:
- Organización Marítima Internacional (OMI) en cuanto a sus relaciones con la Seguridad en la Navegación.
- Comisión de Faros y Señales Marítimas.
- Consejo Superior Geográfico.
- Comisión Nacional de Geodesia y Geofísica.
- Comisión Internacional de Límites con Francia y Portugal.