La misión del IHM es velar por la seguridad de la navegación en sus aspectos de obtener y difundir información sobre el mar y el litoral y contribuir al progreso de la Ciencia Náutica.
En cumplimiento de esta misión son de su competencia los siguientes cometidos principales:
Así mismo, dentro de las instalaciones se encuentra la Escuela de Hidrografía (ESHIDRO) «Alejandro Malaspina», a la que le compete la formación de todo el personal hidrógrafo de la Armada, en todas sus categorías. También y bajo el Programa de Colaboración Internacional en Materia de Enseñanza Militar, la formación de alumnos extranjeros que llevan desde 1969 realizando sus estudios de especialidad en la ESHIDRO.
El IHM está integrado en la Fuerza de Acción Marítima (FAM), que dentro de la Flota, se encarga, con un enfoque integral, de asegurar la cooperación permanente con los diversos organismos de la Administración con competencias en el ámbito marítimo, lo que constituye la contribución de la Armada a la Acción del Estado en la Mar. Este Instituto desarrolla una importante función de Estado en materia de Seguridad Marítima al ser el organismo competente en planificar, programar, formar y conservar la cartografía náutica oficial de España, así como representarlo en estas materias en el ámbito internacional.