A medida que se fue desarrollando la astronomía en el Real Instituto y Observatorio de la Armada (INSOB), surgió en paralelo la necesidad de tomar datos meteorológicos, con la finalidad de aplicar correcciones a las medidas astrométricas mediante modelos de refracción atmosférica. Aunque las medidas pluviométricas se extienden en su registro a 1811, los datos meteorológicos se empezaron a publicar secuencial e ininterrumpida desde la aparición de los "Anales del Instituto y Observatorio de Marina de San Fernando" en 1870.
En la actualidad se dispone de dos estaciones meteorológicas automáticas instaladas una en el recinto del INSOB, y otra en la Isla de Alborán con adquisición de datos de temperatura, presión atmosférica, dirección y velocidad de viento y humedad relativa. Una de dichas estaciones, propiedad de la Agencia Estatal de Meteorología, se encuentra integrada en la Red Meteorológica Nacional.