Las exposiciones temporales son una forma de dar a conocer el Patrimonio Cultural de la Armada a través de estudios e investigaciones sobre temas diversos, acontecimientos históricos, conmemoraciones…

De esta forma el museo actualiza su oferta y ofrece nuevas historias a los visitantes con muestras monográficas o temáticas.

La última exposición, Jorge Juan. El legado de un marino científico, del 23 de noviembre de 2023 al 31 de marzo de 2024, conmemoraba el 250 aniversario de la muerte del marino, abarcando los principales hitos de su vida y sus contribuciones más destacadas a la historia de la ciencia del siglo XVIII.

Próxima exposición: «ANNUS MIRABILIS. Salvador de Bahía, 1625: El crédito de España» prevista para la primavera de 2025.