La biblioteca del Museo Naval reúne una amplia colección especializada en historia marítima, con obras sobre navegación y náutica, astronomía, cosmografía, construcción naval, geografía y viajes de los tratadistas más destacados en estas materias, tanto españoles como extranjeros.

La biblioteca del Museo forma parte de la Red de Bibliotecas de Defensa y se pueden consultar sus fondos en catálogo colectivo de la mencionada red: http://www.bibliodef.es También está integrada en el Catálogo Colectivo del Patrimonio Bibliográfico Español del Ministerio de Cultura.

Está compuesta por 6 incunables y unos 27.000 volúmenes.

Conserva uno de los tres únicos ejemplares existentes en España del Libellus ysagogicus, tratado de astrología escrito por Alchabitius (Venecia, 1482). También el Liber quadripartiti de Ptolomeo (Venecia, 1484), una versión impresa por Ratdolt (Venecia, 1485) que contiene la Sphaera Mundi de Johannes de Sacrobosco, la Theoricae novae planetarum de Peuerbach y Disputationes contra cremonensia deliramenta de Regiomontano, donde cada uno de los autores explicaban su concepción del universo. Así mismo el Kalendarium magistri de Regiomontano (Ausburgo, 1489) y las Tabulae astronomicae de Alfonso X El Sabio (Venecia, 1492). Y, por último, una segunda edición del Astrolabum planum in tabulis ascendens, de Angeli (Venecia, 1494).

El fondo de raros reúne unas 9500 obras editadas antes de 1901. Es necesario reseñar las realizadas en el ámbito de la Casa de la Contratación de Sevilla, los primeros tratados de construcción naval y derecho marítimo, así como las grandes publicaciones de la Armada durante el siglo XVIII y las distintas ediciones de obras extranjeras de la época.

Comprende obras de menos de 50 páginas incluyendo documentación variada, folletos, separatas, disposiciones legales, etc. El fondo antiguo se centra básicamente en disposiciones legislativas que abarcan el período cronológico comprendido entre los siglos XVIII al XX y cuenta con unos 6.000 documentos. El fondo moderno cuenta con un total de unos 3.900 documentos en 200 cajas.

Formada por un total de 350 títulos de revistas especializadas en historia marítima y militar, publicadas en 34 países, de las que 56 pertenecen a publicaciones iniciadas en el siglo XIX.

Completa la colección el fondo moderno compuesto por obras editadas desde el siglo XIX a la actualidad. Todos ellos relacionados con el ámbito de la investigación sobre los fondos del Museo Naval y temas relacionados de interés para la difusión de la historia marítima.