El Museo Naval dirige y coordina una serie de museos filiales: los museos navales de Canarias, Cartagena, Ferrol y San Fernando, el museo marítimo Torre del Oro en Sevilla y el Archivo-Museo Don Álvaro de Bazán en el Viso del Marqués (Ciudad Real). Todos ellos son museos de titularidad estatal adscritos al Ministerio de Defensa.