La creación del Museo Naval es un hecho íntimamente ligado al desarrollo de la ciudad de San Fernando a partir de 1769, cuando la villa de la Real Isla de León se convierte en cabecera del Departamento Marítimo como consecuencia de su traslado desde Cádiz. En San Fernando, en el entorno del nuevo Arsenal de La Carraca se comenzaron a reubicar todos los centros oficiales del Departamento, incluida la Real Compañía de Guardias Marinas junto con la Academia. Con el fin de dotar a dicha Academia de instrumentos para la mejor formación de los alumnos se pensó en conformar una importante biblioteca especializada además de un museo en el que se reuniesen todas las ciencias que son necesarias para la completa instrucción del Cuerpo de la Armada. Tanto la Real Compañía, como la Academia con el museo, se ubicarían en el recinto de la Nueva Población de San Carlos, todo un complejo urbanístico que se construiría para la apropiada instalación de todo el Departamento Marítimo. Desgraciadamente, el imponente proyecto nunca llegó a completarse. De la población militar proyectada, apenas se construyeron unos pocos edificios, y la idea ilustrada de museo y biblioteca científica quedó interrumpida a causa de las sucesivas crisis que se fueron dando en el reino. Desde la aprobación del proyecto de museo en 1792 se había hecho acopio de gran cantidad de bibliografía y objetos de interés cultural y científico, como cartografía histórica, modelos navales, instrumentos náuticos, etc., para conformar el cuerpo de lo que serían las futuras colecciones. Todo este material se distribuyó entre el Real Observatorio y otras dependencias del Departamento, para luego pasar a formar parte de lo que sería el Museo Naval, pero ya no se instalaría en la Isla de León sino en Madrid, a instancias de la reina Isabel II. No fue hasta dos siglos después, en 1992, cuando abrió sus puertas el Museo Naval, en San Fernando, nombre que adquiere la ciudad en honor a Fernando VII a partir de 1813, en el mismo edificio donde hubiera estado ubicado en el siglo XVIII, hoy día Escuela de Suboficiales de la Armada.
En el año 2015 el Museo Naval se traslada a su actual sede, en el edificio de la emblemática Capitanía General de Marina del Departamento Marítimo de Cádiz primero, luego Zona Marítima del Estrecho. Es un filial del Museo Naval de Madrid y alberga una extensa e importante colección de modelismo naval, vexilología, uniformidad, medallística, armas, pintura, escultura, instrumentos científicos y objetos variados que muestran la cotidianidad del trabajo y la vida en la mar. Dentro de su visita se incluye un recorrido por los espacios nobles del antiguo Palacio de Capitanía.Además, en San Fernando se pueden visitar dos edificios importantes relacionados con la Armada y los fondos del Museo: El Panteón de Marinos Ilustres y el Real Instituto y Observatorio de la Armada.
En el Panteón de Marinos Ilustres descansan los restos mortales de numerosos marinos españoles. Forma parte de la Escuela de Suboficiales de la Armada y está situado en la población militar de San Carlos. Su visita es gratuita, aunque requiere reserva previa a través de los teléfonos: 956 54 50 56 y 956 94 42 26.
El Real Instituto y Observatorio de la Armada , cuyo origen se remonta al siglo XVIII, ofrece visitas guiadas por sus instalaciones mediante reserva a través del teléfono 956 54 50 99. Para más información puede visitarse su página web.