La Ayudantía Militar de Marina del Distrito de Fuerteventura abre sus puertas en “Puerto Cabras” el 9 de octubre de 1919 siendo su primer comandante el TN D. Luis de Garay y Galiana y teniendo competencias en Marina Mercante, Pesca, Costas y Señales Marítimas, además de las inherentes al ámbito militar. Desde 1919, la Ayudantía se alojó en cuatro sedes; Una vivienda alquilada a un empresario local en la calle Nueva (actual Juan Domínguez Peña), un inmueble de Alquiler en la calle Fernández Castañeyra esquina con calle Fuerteventura, otra vivienda, también alquilada, en el número 23 de la calle Comandante Díaz Trayter y finalmente en su edificio actual, en unos terrenos cedidos por el Ayuntamiento de Puerto Cabras el 7 de diciembre de 1949, en la calle Juan Domínguez Peña, número 14, donde continúa hasta la fecha. En el año 2007, por Orden Ministerial 25/2007 pasa a denominarse Ayudantía Naval de Puerto del Rosario en Fuerteventura.
Estamos en la Isla de Fuerteventura, a la que según los lugareños “se llega llorando, y se abandona del mismo modo”. Es ésta la Isla de los Majoreros, la Isla de los Muyayos, de las Cholas, de los Chachos, la isla que se si se ve clara desde Las Palmas es probable que sea por los vientos traseros (del NO), la Isla donde “uno encuentra lo que trae consigo”. Una Isla que Unamuno, durante su destierro, definió como «de una pobreza triste; algo así como unas Hurdes marítimas, de paisaje triste y desolado, pero con cierta hermosura, con colinas peladas que parecen jorobas de camellos y en las que se recorta el contorno de éstos, una tierra acamellada. ». Efectivamente en esta Isla fue desterrado Miguel de Unamuno durante cuatro meses en 1924, castigado por el régimen de Primo de Rivera, de quien fue látigo impenitente. Un episodio poco conocido en la vida del escritor, que pensó que iba a morir en «esta miserable isla» cuyo paisaje desolado era un reflejo de sí mismo, y donde, contra todo pronóstico, encontró motivos de redención.
Dentro de la estructura orgánica de la Fuerza de Acción Marítima, La Ayudantía Naval contribuye a la Acción del Estado en la Mar, mediante una presencia permanente dentro de su zona de responsabilidad, interesándose por todos los asuntos reaccionados con el entorno marítimo y defendiendo los intereses de la Armada. Ejerce su misión a través de una coordinación frecuente y fluida con todos los Organismos e Instituciones de las Administraciones Estatales y Autonómicas con competencias en el ámbito marítimo y con todas aquellas organizaciones no gubernamentales, empresas privadas y personas que en su quehacer diario tienen relación con la mar y la industria relacionada con ella.