La estructura básica de la Armada, definida por la Orden DEF/1642/2015, de 30 de julio y desarrollada por la Instrucción 4/2016, de 15 de enero, del Almirante Jefe de Estado Mayor de la Armada, es la siguiente:

• Cuartel General de la Armada (CGA)
  • Estado Mayor de la Armada (EMA)
  • Gabinete del Almirante Jefe de Estado Mayor de la Armada
  • Jefatura de Servicios Centrales y Asistencia Técnica (JESAT)
  • Jefatura de Sistemas de Comunicación e Información (JECIS)
  • Órgano de Historia y Cultura Naval (OHYCN)
  • Asesoría Jurídica del Cuartel General de la Armada
  • Intervención Delegada Central en la Armada
  • Tribunal Marítimo Central
• Fuerza
  • FLOTA
    • Cuartel General Marítimo de Alta disponibilidad
    • Fuerza de Acción Marítima (FAM)
    • Fuerza de Infantería de Marina (FIM)
    • Flotilla de Aeronaves (FLOAN)
    • Flotilla de Submarinos (FLOSUB)
    • Centro de Evaluación y Certificación para el Combate (CEVACO)
    • Centro de Doctrina de la Flota (CEFLOT)
• Apoyo a la Fuerza.
  • Jefatura de Personal(JEPER)
  • Jefatura de Apoyo Logístico(JAL)
  • Dirección de Asuntos Económicos de la Armada (DAE)