La historia del CPT-CIA se remonta a finales de los 70, cuando la ARMADA decidió construir un Grupo de Combate, formado por un Portaaviones y cuatro Fragatas FFG, con el asesoramiento y apoyo de la US NAVY.
Entre 1981 y 1985 se desarrollan los Sistemas de Combate en las instalaciones la empresa SPERRY en USA, con la participación de ingenieros, analistas, programadores e instructores de la ARMADA.
El CPT-CIA se crea el 16 de Enero de 1985, por O.M. (D) 31/85 (D.O. 16), ubicándose en el edificio construido a tal efecto en la Base Naval de ROTA.
El edificio original, que contaba con una superficie de 3500 metros cuadrados, fue ampliado en 2002 con otro edificio de 2500 metros cuadrados, donde, en la actualidad, se aloja la Sección de Programas del CPT-CIA, así como el Grupo de Análisis de Operaciones Navales (GALON) y la Junta de Táctica (JUTAC).
Durante el verano de 1985 se instalan en el Centro un Simulador de CIC y los equipos empleados para desarrollar y probar los programas operativos de los buques.
El 14 de Octubre de 1985 se imparte el primer curso a la dotación de la Fragata "Santa Maria", comenzando de ésta forma la andadura del CPT-CIA para cumplir las misiones encomendadas.
En el año 2002 se instala a bordo el simulador táctico "GALEON" para el adiestramiento de oficiales en Táctica Naval y Procedimientos Normalizados.
El Centro de Instrucción de Guerra Electrónica (CIGE) fue creado en diciembre del año 1982 en el CIAF de Cartagena. Mediante la O.M.D. 630/19082/88 se crea el CIGE en el CPT-CIA de la Flota.
Sus funciones son: Instrucción y Adiestramiento, así como Órgano Asesor del EMA.
En diciembre del año 2004 se crea el Centro de Apoyo Link-16 de la Armada (CALA) para coordinar la actividad Link-16 de todos los buques.
A partir de 2007, comienza un programa de modernización que mejorará algunas de las capacidades del CPT-CIA.