La Dirección de la Escuela la ostenta el Director del Instituto.
La Jefatura de Estudios será desempeñada por el Subdirector del IHM con la titulación de Ingeniero Hidrógrafo .
Las funciones de Secretario las desempeñará un profesor de la Escuela que será designado por el Sr. Director.
Las funciones de profesorado e instrucción de Alumnos se lleva a cabo por Jefes, Oficiales, Suboficiales y profesores civiles, destinados en la Escuela de Hidrografía con la colaboración de los destinados en el Instituto Hidrográfico y otros destinos de la zona, así como conferenciantes ajenos a la Armada en temas que sean de especial interés para cada curso.
El Departamento de Hidrografía, cuyo jefe es un Ingeniero Hidrógrafo, está formado por 6 profesores y su principal objetivo es la formación teóorica en las diferentes ramas científicas de los alumnos de los diferentes cursos.
El Departamento de Instrucción y Adiestramiento, cuyo Jefe es un Ingeniero Hidrógrafo, está¡ formado por 4 profesores y su objetivo principal es el adiestramiento y la formacón práctica de los alumnos de los diferentes cursos.
La asignatura de inglés para el curso de acceso a la Escala de Suboficiales está externalizado a una empresa privada.