El Estado Mayor de la Armada (EMA), cuya jefatura corresponde al Almirante Segundo Jefe del Estado Mayor de la Armada (2º AJEMA), es el principal órgano auxiliar de mando del AJEMA, al que asiste en el ejercicio de sus competencias y en las responsabilidades que tiene asignadas, proporcionándole los elementos de juicio necesarios para fundamentar sus decisiones, traducir éstas en órdenes y velar por su cumplimiento.

El EMA está constituido por los siguientes órganos:

• La Jefatura.
• La Secretaría General del Estado Mayor de la Armada.
• La División de Planes.
• La división de Logística.