Órgano de Dirección, Secretaria y Oficina de Comandancia. Es la oficina encargada de tramitar todos los asuntos relativos a las funciones del DIRESUBO. Protocolo y organización de actos. Es también la oficina en la que se encuentra el Registro de documentación de esta Escuela.
Ayudante Mayor. Su función principal es proporcionar el apoyo necesario, con los medios asignados, para que la ESUBO pueda realizarsus cometidos como Centro de Enseñanza
Subdirector-Jefe de Estudios. Tiene como misión fundamental el control de los Planes de Estudio y actividades a desarrollar en la ESUBOconducentes a la formación de los Alumnos
Servicios Generales. Este servicio está encargado tanto de la limpieza de esta Escuela como de la ornamentación y preparación de los actos que se celebran en ella.
Mantenimiento. Se encarga tanto de reparar como de evitar posibles averías para el buen funcionamiento de todos los equipos; así mismo el Jefe de este Servicio es al mismo tiempo Coordinador Medioambiental de la Unidad.
Marinería. Es el personal profesional destinado en esta Escuela, con diversos cometidos dependiendo de su especialidad. Siendo el pilar fundamental de las labores cotidianas.
Departamento de Instrucción y Adiestramiento. Se encarga del desarrollo de los aspectos físico, moral y militar de los alumnos.
Departamento de Conocimientos Científicos Navales y Militares. Abarca distintas asignaturas de cultura general y algunas específicas del ámbito naval.
Departamento de Conocimientos Técnicos y Humanísticos. Cuenta con asignaturas de tecnología avanzada como puede ser la de Informática, este Departamento incluye la de Idioma Inglés, de suma importancia para la futura carrera de un Suboficial.