Esta colección destaca por su variedad, con banderas, uniformes completos, insignias, elementos del vestir o fragmentos y adornos, muchos procedentes de donaciones pero otros protagonistas de combates navales.

En la colección de uniformidad se encuentran piezas destacadas que pertenecieron a marinos ilustres. Entre ellas la levita del brigadier de la Real Armada Casto Méndez Núñez de 1866, el sombrero apuntado de Federico Gravina y Napoli, el bicornio y fajín de José María Beránger y Ruiz de Apodaca, el uniforme de diario de almirante de la Kaiserlichen Deutschen Marine del rey Alfonso XIII, o una marinera de uniforme de media gala de capitán general de la Armada de S. M. el Rey Don Juan Carlos I.

La colección de vexilia reúne piezas de gran valor histórico, como la bandera del navío "Príncipe de Asturias", que participó en el combate de Trafalgar, la bandera del sexto regimiento de infantería de línea de Málaga, del Ejército de José I Bonaparte, la bandera del navío francés "Héros", fragmentos de la bandera de combate del crucero "Vizcaya", hundido en el combate naval de Santiago de Cuba en 1898, o la bandera de los Estados Unidos de América que llevaba la bricbarca "Sawanah", apresada por el crucero de 3ª clase español "Elcano", entre otras.

Dentro de esta colección destacan por su espectacularidad y carácter único el estandarte real de la familia de Oquendo, del último cuarto del siglo XVI, el repostero de la Casa Ducal de Fernán Núñez, de finales del siglo XVII, o el estandarte de la Marina Imperial francesa que perteneció al navío l’Atlas, considerado el único ejemplar de estandarte de la Marina Imperial de Napoleón I que ha llegado a nuestros días.

El Museo Naval posee también una interesante colección de condecoraciones de entre los siglos XIX y XX, formada principalmente por ejemplares concedidos a marinos como premio por acciones de carácter militar, aunque también incluye recompensas otorgadas por servicios o méritos en el orden civil. Así, se encuentran insignias y condecoraciones de la Real y Muy Distinguida Orden Carlos III, de la Real y Naval Orden de María Cristina, o la Real y Militar Orden de San Hermenegildo.