El Museo Naval cuenta con una amplia y variada colección de artes decorativas que incluye piezas de mobiliario, cerámica, joyas y otros objetos como abanicos o juguetes, muchos de los cuales están relacionados con el mar tanto por el tema representado como por el uso de los mismos.

Entre las piezas de mobiliario cabe destacar las propias vitrinas del museo, muchas de las cuales son históricas, como la realizada en el siglo XVIII en palo santo, carey y boj y aun a día de hoy en uso. Otras piezas destacadas son un arca catalana del XVI, un arca española del siglo XVII, o la mesa de piedras duras que se encontraba en el palacio construido por Sabatini en 1776 para la Secretaria de Estado, y posteriormente utilizado por Manuel Godoy.

Entre los objetos de cerámica destacan la vajilla de Pasajes de San Juan-Guipúzcoa, utilizada en el banquete ofrecido por el Museo Naval de Madrid en 1858 a la reina Isabel II, un conjunto de azulejos de cerámica policromada del siglo XVIII realizados por talleres catalanes, piezas de Daniel Zuloaga realizada en la fábrica de la Moncloa, así como piezas de Manises y de la fábrica Pickman.