El Museo Naval cuenta con una importante colección de monedas y medallas que abarca una amplia cronología que va desde época romana a la actualidad. Su temática variada y sus diversas procedencias hacen de éste un conjunto destacado que cuenta con piezas únicas y de gran valor histórico.

La sección de medallística reúne medallas históricas de gran valor artístico e iconográfico. Cronológicamente, la colección abarca desde el año 1519, época de Carlos I, hasta el reinado de Alfonso XIII. Temáticamente están presentes medallas de fidelidad y conmemorativas de tratados, acciones navales y acontecimientos marítimos de la más variada naturaleza. Entre ellas destacan un conjunto de medallas de Carlos V, como la acuñada en Nuremberg con motivo de su nombramiento como Emperador, una medalla conmemorativa de las Provincias Unidas de 1668, o las relacionadas con el asedio a Cartagena de Indias, que muestran a un Blas de Lezo rendido ante el almirante inglés Vernon, acuñadas antes del enfrentamiento en el que los ingleses resultaron derrotados.

La sección de numismática comprende una serie de monedas que abarcan un gran arco cronológico: desde la época romano-republicana e imperial a nuestros días. Entre ellas se encuentran un felús marroquí, rupias birmanas, escudos de Juan de Castilla y Carlos V, dos escudos de Felipe IV, monedas de las cecas de Perú del siglo XVII, medio dólar conmemorativo de la exposición universal de Chicago de 1893 o un penique de Jorge V de la Guerra de Sudáfrica de 1936.