El Departamento de Archivos Navales es responsable de la planificación, coordinación y ejecución de las actuaciones dirigidas a la protección, conservación, divulgación y el apoyo a la investigación del patrimonio documental de la Armada. De él dependen orgánicamente el Archivo Histórico de la Armada (sede "Álvaro de Bazán", en Viso del Marqués y sede "Juan Sebastián de Elcano", Madrid), cinco Archivos Intermedios, (el Archivo General del Cuartel General de la Armada y los Archivos Navales de Canarias, Cartagena, Ferrol y San Fernando), y, funcionalmente, los Archivos Científicos del Real Observatorio de la Armada y del Instituto Hidrográfico de la Marina.