La organización básica de la Armada, definida por la Orden DEF/707/2020, de 27 de julio, y desarrollada por la Instrucción 15/2021, de 11 de marzo del Almirante Jefe de Estado Mayor de la Armada, es la siguiente:
El Cuartel General de la Armada, situado en Madrid, es el conjunto de órganos que encuadran los medios humanos y materiales necesarios para asistir al Jefe de Estado Mayor en el ejercicio del mando de la Armada.
La Fuerza de la Armada está constituida por la Flota, dependiente directamente del AJEMA. Tiene como cometido principal alistas las estructuras operativas navales capaces de desplegar en operaciones de carácter específico, conjunto o combinado. Además es responsable de canalizar el apoyo logístico específico necesario para mantener dichas operaciones. La Flota se organiza en: