El día 14 de noviembre de 1774 el Alférez de Navío D. Pedro de Assas y Venero, tomó posesión como Capitán del Puerto de Santander. El cargo de Capitán de Puerto era, en cuanto a misión, muy similar a lo que posteriormente ejercieron los Comandantes de Marina, y desde 1992 los Comandantes Navales. Por este motivo se puede considerar que desde esa fecha ha existido presencia continuada en Santander de la Comandancia Naval.
El AN Pedro de Assas desempeño su cargo hasta 1790, fecha en la que fue sustituido por el CN., D. Francisco Colvalentinlantes y Navarro. El cargo de Capitán de Puerto existió hasta 1868 en que fue sustituido por el del Comandante de Marina. Durante esos años algunas de las competencias que posteriormente asumió el Comandante de Marina se asignaron al Comandante del Mando del Tercio Naval de Santander y al Jefe de la Marinería Matriculada.
La Comandancia Naval de Santander ha estado ubicada en cuatro edificios desde entonces. El edificio primitivo utilizado como sede de la Comandancia estuvo ubicado en el “muelle nuevo”, como recoge el derrotero de la época y a la altura del actual Palacete del Embarcadero. De 1874 a 1901 la Comandancia Naval tuvo su sede en un edificio próximo al original, en el Paseo Pereda (dársena de la Ribera, frente al edificio Faro del Banco de Santander). El tercer edificio se ubicó en la zona de puerto Chico, actual calle Castelar, hasta 1950. Finalmente en 1947 se comenzó la construcción del edificio actual, ubicado en el muelle de Maliaño, dentro del recinto portuario, con domicilio social en la calle Antonio López núm. 1. Este último edificio asumió las labores administrativas del anterior en 1950.
En 1992 se cambió la denominación de Comandancia de Marina de la Provincia Marítima de Santander a Comandancia Naval de Santander.
La Comandancia Naval de Santander desarrolla sus funciones militares integrada en la Fuerza de Acción Marítima (FAM), con sede en Cartagena, dependiendo orgánica y operativamente del Almirante de Acción Marítima.
Para desempeñarlas, la Comandancia cuenta con una plantilla de dos oficiales (Comandante y 2º Comandante), dos suboficiales y tres militares de la escala de marinería y tropa, auxiliados en los cometidos administrativos por una funcionaria civil.