Se crea en el año 1865 con Jurisdicción sobre las islas orientales de Lanzarote y Fuerteventura, estando ubicada en el actual edificio del Cuartel General del Mando Naval de Canarias situada en la Plaza de la Feria núm. 43 en Las Palmas de Gran Canaria.
En el año 1940, cambia su ubicación a la calle Pedro del Castillo núm. 28 en el Paseo de Las Canteras de la capital Gran Canaria.
El 10 de Octubre de 2004, queda integrada dentro del Cuartel General del Mando Naval de Canarias, retornando nuevamente al edificio donde estuvo ubicada inicialmente.