La Comandancia Militar de Marina de Santa Cruz de Tenerife, se cree que empieza a existir como tal en el año 1804 con la toma de posesión de la misma por el Capitán de Navío Don Domingo Ponte, para cuyo cargo fue nombrado en 28 de febrero de 1803, como consecuencia de las Ordenanzas sobre Matrícula Naval que al parecer se dictaron en 1802.
La Comandancia o Capitanía del Puerto de la que se tiene recuerdo fue construida por orden de 15 de mayo de 1864.
Todos estos datos figuran en escrito de fecha 02 de Noviembre de 1911, remitido por D. Manuel de Cámara, Presidente de la Junta de Obras del Puerto de Santa Cruz de Tenerife, que se remite a su vez a la "Guía histórica descriptiva de Santa Cruz de Tenerife" de J. Poggi, al Comandante de Marina en ese momento, el CN. D. Bernardo Navarro Cañizares.
La antigua Comandancia se encontraba ubicada a la entrada del muelle Sur, donde permaneció hasta la construcción de esta Comandancia.
Al proclamarse la República en 1931, la misma, hace una serie de cambios en la Administración Marítima creando en lugar de las Comandancia Militares de Marina las Capitanías Marítimas y Delegaciones Marítimas, así mismo crea el Cuerpo de Servicios Marítimos, en los que queda integrado todo el personal que prestaba sus servicios en la Comandancias, con sus nuevas denominaciones.
En escrito del Delegado Marítimo de fecha 6 de febrero de 1934 se informa al Presidente del Cabildo Insular de Tenerife, que el edificio tiene 37 años y que lugar ocupado por la Delegación Marítima es propiedad del Estado.
La antigua Comandancia en la entrada del muelle, dificulta el acceso al mismo por las obras de mejora del puerto que se querían acometer y es necesaria su demolición, por lo que el Cabildo Insular de Tenerife, oferta permutar el viejo edificio por un nuevo solar, donde actualmente se encuentra la nueva Comandancia.
A partir del alzamiento militar contra la República de 1936, y al estar esta zona de Canarias desde el primer momento secundando el mismo, en los años que dura la contienda se vuelve a reconvertir al personal pasando el mismo a integrase en los escalafones de la Armada.
En el periódico "La Tarde", de Santa Cruz de Tenerife nº 4.093 de fecha Lunes 13 de Noviembre de 1939, viene un artículo sobre la nueva Comandancia de Marina en la que asegura que ya está en marcha el proyecto de la misma, gracias a la iniciativa y buenos deseos del Excmo. Sr. Gobernador Civil, habiendo sido enviado a Madrid el proyecto para su aprobación definitiva por el Ministerio de Marina.
La construcción de la Comandancia se acomete en fecha 30 de noviembre de 1942, durante el año 1943, no se puede dedicar dinero a las obras por lo que la construcción esta paralizada, volviendo a reiniciarse las mismas en 1944, presentando proyecto de finalización de obras el 12 de abril de 1944. La fecha de entrega del edificio de la nueva Comandancia es un Acta de 20 de Diciembre de 1945.
Al aprobarse la Ley 27/1992 de 24 de Noviembre, de Puertos del Estado y de la Marina Mercante, (B.O.E. del 26 de Noviembre). El día 7 y 8 de Marzo de 1993 se efectuaron las trasferencias a Marina Mercante. El día 17 de Enero de 1994 se inaugura la Capitanía Marítima y la Torre de Control y Salvamento de Santa Cruz de Tenerife y el día 14 de Abril del mismo año se efectúan las transferencias a Marina Mercante del Personal Militar. Por Orden de 22 de Junio de 1993, se firman los convenios de transferencias entre el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación y el Ministerio de Defensa cesando en las competencias que hasta ese momento desempeñaba el Comandante Militar de Marina como Delegado del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación, por un corto período de tiempo el Comandante siguió firmando como Capitán Marítimo.
Por Orden Ministerial comunicada 25/2007, de 2 de marzo, por la que se aprueban los Planes de Transición a las nuevas estructuras de la Fuerza del Ejército de Tierra, de la Armada y del Ejército del Aire, pasa a denominarse Comandancia Naval de Tenerife.