En diciembre de 1932 se inicia un proyecto para la construcción de un patrullero de 50 toneladas con destacamento en Fuenterrabía, incluido el edificio de apoyo necesario; sin embargo, este proyecto es paralizado por el comienzo de la Guerra Civil.
El 1 de enero de 1940, una vez adquirido el edificio Villa Kurlinka por un importe de 125.000 pesetas, se instala la primera dotación de la Armada.
El 15 de agosto de 1958 la Estación Naval toma el nombre de Comandancia Naval del Bidasoa.
En la actualidad se encuentra integrada orgánicamente en la Comandancia Naval de San Sebastián como Ayudantía Naval del Bidasoa.
Situada en el Paseo del Bidasoa número 17 de Hondarribia (Fuenterrabía), la unidad consta de dos edificios. Uno principal denominado Villa Kurlinka y otro secundario, construido en 1961, para alojamiento de marinería, cocinas y garaje.
La Ayudantía Naval del Bidasoa desarrolla sus cometidos en el río Bidasoa, frontera natural con Francia, y en las aguas de soberanía nacional y de soberanía compartida de la Bahía de Higuer.
Además de los cometidos que le son propios tiene asignados otros específicos derivados del Convenio Hispano-francés relativo a la pesca en el rio Bidasoa y Bahia de Higuer de 1959.
Una singularidad de la zona es la existencia de la Isla de los Faisanes o de la Conferencia que pertenece pro indiviso a España y Francia, de acuerdo con el Tratado de Límites entre ambos países de 1856, y cuyo derecho de vigilancia es asumido por turno durante seis meses al año por los Comandantes Navales de ambas orillas.